A história se passa dois anos e meio após a partida de Uzumaki Naruto para um treinamento com Jiraiya para fora de Konohagakure no Sato. Após seu retorno, Uzumaki Naruto e sua equipe, agora em nova formação, engajam em uma investigação da Akatsuki, e de um possível resgate de Uchiha Sasuke, agora sob comando de Orochimaru. O principal empecilho de Uzumaki Naruto, e Konohagakure no Sato, em Naruto Shippuden é a organização Akatsuki, que procura capturar todos os Jinchuurikis.

Naruto Shippuuden – 1ª Temporada – Legendado
EPISÓDIOS
01e02-03-04-05-06e07-08e09-10-11-12-13-14-15

16-17-18-19-20-21-22e23-24-25-26-27-28-29e30

Naruto Shippuuden – 2ª Temporada – Legendado
EPISÓDIOS
31-32-33-34-35-36e37-38-39-40e41-42-43-44-45-46-47-48-49-50-51e52-53

Naruto Shippuuden – 3ª Temporada – Legendado
EPISÓDIOS
54-55-56-57e58-59-60-61-62-63-64e65-66-67

68e69-70-71-72-73-74-75-76e77-78e79-80

Naruto Shippuuden – 4ª Temporada – Legendado
EPISÓDIOS
81-82-83-84-85-86e87-88-89-90-91-92-93-94-95-96-97-98-99-100-101-102-103-104

Naruto Shippuuden – 5ª Temporada – Legendado
EPISÓDIOS
105-106-107-108-109-110-111-112-113-114-115-116-117-118

119e120-121-122-123-124-125-126-127-128-129-130

Naruto Shippuuden – 6ª Temporada – Legendado
EPISÓDIOS
131-132-133-134-135-136-137-138-139-140-141-142